言いたいシチュエーション:
会話の途中で言いたい
I understand.

1つの表現だけにならないようにしよう!

I see.

直訳は「私は分かります」となります。「see(シー)」は「見る・分かる」という単語です。「I see.」の前に、「Oh」などを付けて、「Oh, I see.」などとすると、より「なるほど!」というのが強調されます。

I get it.

これも「分かりました」という表現で、「I see.」と同じように頻繁に使われます。過去・過去分詞の「got(ガット)」にして「I got it」や「I've got it.」でもOKです。

That makes sense.

「make sense(メイク・センス)」は「つじつまが合う」という熟語です。これに副詞の「totally(トータリー)/完全に」や「absolutely(アブソルートリー)/絶対に」という単語を使って、「That absolutely makes sense.」とすると、より強調されます。

「さまんさ」さんが考えた「I understand.(理解します)」でもOKです!しかし、すこし固い表現になるので、使うシチュエーションには注意しましょう。